Σύμφωνα με τη μυθολογία, ο ίδιος ο Δίας ανατράφηκε στη Νάξο, ενώ στο νησί λατρευόταν ιδιαίτερα και ο Απόλλωνας. Ωστόσο, ο πιο γνωστός μύθος συνδέεται με το Διόνυσο και την Αριάδνη. Σύμφωνα με αυτόν, ο Θησέας εγκατέλειψε στη Νάξο την Αριάδνη, η οποία νωρίτερα, τον είχε βοηθήσει να αντιμετωπίσει το Μινώταυρο. Ο Διόνυσος βρήκε την Αριάδνη, την ερωτεύτηκε και την έκανε γυναίκα του, με αποτέλεσμα η Νάξος να γίνει γνωστή ως το «νησί του Διόνυσου και της Αριάδνης».

Αρχαιολογικά ευρήματα μαρτυρούν ανθρώπινη παρουσία στο νησί από τη Νεολιθική εποχή και πιο συγκεκριμένα, από την 4η χιλιετία π.Χ. Πρώτοι κάτοικοι της Νάξου ήταν οι Θράκες, ενώ στη συνέχεια εγκαταστάθηκαν οι Κάρες, με το βασιλιά τους, Νάξο – γιο του Απόλλωνα -, να δίνει το όνομά του στο νησί. Ο κυκλαδικός πολιτισμός εμφανίζεται στις αρχές της 3ης χιλιετίας π.Χ. και σηματοδοτεί την έναρξη της πολιτισμικής δραστηριότητας στο Αιγαίο. Επιπλέον, το νησί της Νάξου επηρεάζεται σημαντικά από το μινωικό (μετά το 1900 π.Χ.) και από το μυκηναϊκό πολιτισμό (έως το τέλος του 11ου αι. π.Χ.).

Κατά τον 8ο αι. π.Χ., το κυκλαδικό νησί συμμετείχε στο μεγάλο αποικισμό σε Ανατολή και Δύση, καθώς, σε συνεργασία με τη Χαλκίδα, ίδρυσαν την πρώτη ελληνική αποικία στη Σικελία, η οποία ονομάστηκε Νάξος. Τον 6ο αι. π.Χ., ο τύραννος Λύγδαμις (με τη βοήθεια του αθηναίου τύραννου Πεισίστρατου) καταλαμβάνει την εξουσία και συντελεί στην οικονομική και καλλιτεχνική ακμή της Νάξου. Στη συνέχεια, το νησί γίνεται η αφορμή για να ξεσπάσει η ιωνική επανάσταση, με τον περσικό στόλο (συνεπικουρούμενος από εξόριστους Ναξιώτες) να επιχειρεί ανεπιτυχώς να καταλάβει τη Νάξο, στην αρχή του 5ου αι. π.Χ.

Ωστόσο, το 490 π.Χ., οι Πέρσες θα κυριεύσουν το νησί, σφαγιάζοντας και υποδουλώνοντας του κατοίκους του. Ως «απάντηση», οι Ναξιώτες θα πάρουν μέρος με τις ελληνικές δυνάμεις στη ναυμαχία της Σαλαμίνας (480 π.Χ.) και στη μάχη των Πλαταιών (479 π.Χ.) για να καταλήξουν υποτελείς – ουσιαστικά – στους Αθηναίους το 474 π.Χ., ως μέλη της Α΄ Αθηναϊκής Συμμαχίας.

Στη συνέχεια, η κηδεμονία της Νάξου πέρασε από τα χέρια των Σπαρτιατών, Μακεδόνων, Ροδίων και Πτολεμαίων, προτού το νησί καταληφθεί τελικά από τους Ρωμαίους, το 41π.Χ., οπότε συμπεριελήφθη στη ρωμαϊκή επαρχία των νησιών του Αιγαίου, με έδρα τη Ρόδο. Στα βυζαντινά χρόνια, οι πειρατές αναστάτωσαν κατά καιρούς τους κατοίκους του νησιού, οι οποίοι υποχρεώθηκαν να πληρώνουν ειδικούς φόρους στους Σαρακηνούς. Την εποχή αυτή, χτίζονται στο νησί πολυάριθμες χριστιανικές εκκλησίες.

Η φυσιολογική παρακμή της βυζαντινής ναυτικής ισχύος συνετέλεσε στην Ενετική εξάπλωση, με αποτέλεσμα το 1207 (τρία χρόνια μετά την κατάληψη της Κωνσταντινούπολης από τους Φράγκους, κατά την Δ΄ σταυροφορία) ο διπλωμάτης και στρατιωτικός Μάρκος Σανούδος (Marco Sanudo) να κυριεύσει το νησί της Νάξου. Ο τελευταίος, αφού κατέλαβε και άλλα ελληνικά νησιά, ίδρυσε στις αρχές του 13ου αι. το Δουκάτο του Αιγαίου (ή της Νάξου ή του Αρχιπελάγους), με έδρα τη Νάξο.

Έκτοτε, πρωτεύουσα της Νάξου είναι η Χώρα, στην οποία χτίστηκε το Κάστρο: χαρακτηριστικό σημείο αναφοράς της μακρόχρονης ενετικής κυριαρχίας, η οποία άφησε ευκρινώς τα σημάδια της στην πολιτισμική, θρησκευτική και κοινωνική ζωή των κατοίκων του νησιού. Επιπλέον, σε ολόκληρη τη Νάξο υπάρχουν διάσπαρτα τα πυργοειδή συγκροτήματα που φανερώνουν την επικράτηση του φεουδαρχικού καθεστώτος στο νησί. Το 1537, οι επιδρομές του φημισμένου πειρατή Χ. Μπαρμπαρόσα στο Αιγαίο έδωσαν στην Τουρκία την κηδεμονία της Νάξου, η οποία ενσωμάτωσε πλήρως το νησί το 1579 και το διατήρησε υπό την κατοχή της μέχρι την ελληνική επανάσταση του 1821. «Μικρές παρενθέσεις» στην παραπάνω ιστορική διαδρομή, αποτελούν η επανάκτηση του νησιού από τους Ενετούς (1684-1699), καθώς και η βραχυχρόνια ρωσική κατοχή (1771-1774) . Το 1930, η Νάξος ενσωματώθηκε στο – νεοσύστατο τότε – ελληνικό κράτος, ακολουθώντας έκτοτε την πορεία της σύγχρονης ελληνικής ιστορίας.